En enero de 1700, llegó a lo que hoy es villa Guerrero un grupo de franciscanos del colegio de la Santa Cruz de Querétaro, encabezados por fray Diego de Salazar, San Juan de Buenaventura y fray Francisco Hidalgo. El virrey José Sarmiento y Valladares, conde de Moctezuma y Tula, ordenó en la Cédula del 28 de marzo de 1701, que se formara una compañía volante en el presidio de Río Grande; así que, en el lugar que hoy ocupa villa Guerrero, fue fundado el presidio de San Juan Bautista del río Grande del Norte.
Por decreto del gobierno del estado, el 7 de agosto de 1827 le fue concedido el título de villa.
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