Se considera que su fundación se produce a partir de 1839, cuando varios colonos se establecieron en Vega de Marrufo, sitio que fue propiedad del marquesado de Aguayo; sin embargo, los pobladores, a causa de las inundaciones, se vieron en la necesidad de abandonarlo y trasladarlo a otro lugar.
El presidente Benito Juárez decretó el 5 de septiembre de 1864 que este poblado se elevara a la categoría de villa, con el nombre de Matamoros.
El 27 de febrero de 1927 le fue concedido el título de ciudad.
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