Naucalpan, nombre náhuatl, que algunos autores interpretan como "??el lugar de los cuatro barrios"? o "??en los cuatro barrios"?, pero de acuerdo a las raíces etimológicasquiere decir "??en las cuatro casas"?. Los componentes fonéticos son: Nau, contracción gramatical de  nahui, quiere decir "??cuatro"?; cal deriva de calli, que quiere decir "??casa"? y no "??barrio"?, y pan, se debe interpretar, en este caso, como "??en"? o como "??lugar"?: "??en las cuatro casas"? o lugar de las cuatro casas"?.

El 3 de septiembre de 1874, al nombre de Naucalpan le fue agregado el apellido de Don Benito Juárez, para quedar como Villa de Juárez.

Prehistoria, en la cuenca de Anáhuac (a la que Naucalpan corresponde) ya había vida humana desde hace 20,000 años.

Durante el Horizonte Preclásico (1400 a 1300 a. de C), un grupo Olmeca llegó a la zona y contribuyó significativamente al enriquecimiento de nuestra cultura Tlatilca(ubicada en Los Cuartos, Totolinga y Naucalpan)

En Naucalpan, los antiguos tlatilquenses ubicados en el Cerro Tepalcate fueron atraídos por la corriente del desarrollo Teotihuacano. 

En la época prehispánica, originalmente se constituyó como un barrio de Tlacopan (Tacuba) y sus habitantes pertenecían a la parcialidad Otomí.

Los hallazgos arqueológicos de Tlatilco revelan los alcances sociales de aquella cultura, anterior a la Teotihuacana, la Tolteca,  la Chichimeca, y, desde luego, a la Azteca.

A partir del año 1428, el territorio naucalpense perteneció al imperio Tepaneca de Atzcapotzalco, pero derrotado éste por la Triple Alianza, y desposeído de todos sus dominios, los monarcas de la Gran Tenochtitlán los cedieron al Señorío de Tlacopan. 

En 1521, a la caída de la Gran Tenochtitlán el Señorío de Tlacopan fue nulificado por el dominio español y Naucalpan siguió correspondiendo a Tlacopan (hoy Tacuba)

Hernán Cortés otorgó a Isabel Moctezuma y Alonso de Grado, a manera de dote y arras, el pueblo de Tacuba y todos los que a él se hallaban sujetos: "??Huixquilucan y San Bartholome Naucalpan"?, entre otros.

Durante las segundas nupcias de la princesa azteca Isabel Moctezuma Tecuichpo, con Juan Cano, recibió como merced toda la zona de Tetl Olincan 
(actualmente San Lorenzo Totolinga), en donde  cultivó importante extensión de viñas.

En la evangelización Naucalpan fue al principio una visitaduría de los franciscanos del convento de San Gabriel de Tacuba, pero hacia 1875, se convirtió en vicaría fija, a cargo de cuyo párroco quedaron las iglesias de San Francisco Nopala, Santa Cruz Cuautlalpan, San Mateo Nopala y San Lorenzo Totolinga.

Durante la Colonia se explotó cantera, arena y grava para construir múltiples iglesias y palacios, incluidos la Catedral Metropolitana y el Palacio Nacional de México. Además se tributaba carbón para la Casa de Moneda.

En los primeros años de la Colonia fue administrado por los frailes del convento de Tacuba, aunque civilmente pertenecía a esta misma alcaldía.

Siglo XVI, se construyó la iglesia del señor San Francisco de Asís y de la Inmaculada Concepción en San Francisco Chimalpa. En la época colonial Naucalpan perteneció a la alcaldía mayor de Tacuba. 

En 1574 fue construido el templo de San Bartolomé Naucalpan. Ese año se inició la construcción del santuario de Los Remedios, y concluido a finales de agosto de 1575. Los primeros patronos del santuario fueron el Cabildo y el Regimiento de la Ciudad de México, habiéndose designado vicario al licenciado Felipe de Peñafiel.

Más de medio siglo después, el 25 de marzo de 1629, se inició la construcción de las torres con su cúpula y crucero.

En 1677, fue construida la iglesia de Occipaco dedicada al Apóstol Santiago.

Durante el siglo XVII, se edificó el templo consagrado a San Luis en Tlatilco, que es uno de los más bellos de la región; también se construyó el molino de Atoto.

En 1707, fue construida la iglesia de San Mateo Nopala, la cual posee una capilla abierta destinada en esa época  para los indios.

En 1737 se presentó en San Bartolomé Naucalpan la epidemia de Matlazahua, el 31 de mayo del año siguiente fue erigida la parroquia.

En noviembre de 1810 la Virgen de los Remedios fue traída a la catedral de México y vestida de generala e invocada como patrona de España, pero fue acusada de "??gachupina"?, también se le conocía como "??Guardiana de los ejércitos españoles"?.

En julio de 1821 apareció en Naucalpan el Diario Militar de los hermanos Joaquín y Bernardo Miramón que editaban en una imprenta portátil. En la redacción de ese periódico intervino José Joaquín Fernández de Lizardi, El Pensador Mexicano.

Durante La Reforma, a mediados del siglo XIX, Naucalpan pertenecía como Juzgado de Paz al distrito y partido de Tlalnepantla, junto con Huixquilucan, Montealto y Montebajo. 

El 5 de noviembre de 1860 a las cuatro de la madrugada, salió de Naucalpan el presidente Benito Juárez en compañía de sus ayudantes y del joven ministro Isidoro Díaz, con dirección a Querétaro.

Desde el principio de la Independencia fue una población dependiente de Tlalnepantla, pero tuvo ayuntamiento propio, al que obedecían pequeños poblados como Tecamachalco.

El 1 de enero de 1826, se efectuó la erección de Naucalpan. 

En 1867 fue fundada la fábrica de Hilados y Tejidos de Río Hondo, e inaugurada por Benito Juárez en 1869.

El 30 de julio de 1871, durante el gobierno de Benito Juárez fue inaugurado el "??Puente de los Mexicas"? en Santa Cruz Acatlán.

El 3 de septiembre de 1874, el congreso de la entidad concede al pueblo de San Bartolo Naucalpan el título de "??Villa de Juárez"?.

El 17 de febrero de 1899 el pueblo de Santa Cruz del Monte se agrega a la municipalidad de Naucalpan de Juárez.

El 10 de agosto de 1906, durante el porfiriato, se introdujo el alumbrado público de Naucalpan.

El presbítero Santiago Garza Treviño, en 1908  reconstruyó los arcos que dan acceso al atrio o antiguo panteón del santuario de Los Remedios.

Los jefes zapatistas Rafael Carrillo y Román Díaz en 1912 operaron en los montes de Chimalpa hostilizando constantemente a las fuerzas federales. 

Entre 1910 a 1920, durante la Revolución Mexicana se distinguieron: Román Díaz Rosas, Arnulfo Chávez,  Alfredo Basurto García, Camilo Santos, Encarnación Díaz, Ezequiel Villaviscencio, Felipe Ángel Fortuño Miramón, Joaquín Bolaños Camacho, Luis Medina Barrón, Manuel Ramírez, Manuel Villanueva, Rodolfo González, Toribio Velasco y el avecindado en Naucalpan Román Díaz Rosas. En ese lapso el Santuario de los Remedios fue administrado por los padres capuchinos con misioneros del Espíritu Santo.

En 1927 Armando Téllez Vargas inició el Movimiento Cristero en el Distrito Federal, y se levantó con Manuel Bonilla y otros en el Ajusco, los tomaron presos y en abril, por orden del General Urbalejo fueron pasados por las armas en los llanos de Salazar, en un lugar cercano a la hacienda de La Marquesa. El movimiento tuvo seguidores en Naucalpan.

El Cabildo Eclesiástico de México en el año de 1930, tomó los Remedios bajo su jurisdicción.

Para 1934, Miguel Alemán Valdés era dueño del rancho La Herradura, cercano a Cuatro Caminos, a donde Gabriel Ramos Millán promovió que se cambiara la plaza de toros El Toreo. 

Se festeja en 1940 el cuarto centenario del hallazgo de la imagen de la virgen de Los Remedios.

En 1943 se erigió en el santuario de Los Remedios un monumento dedicado a Cristo Rey.

Para el año de 1950, se edificó otro monumento dedicado a San Miguel Arcángel. 

Naucalpan de Juárez adquirió la categoría de ciudad en 1957 y se funda Ciudad Satélite. 

En 1963, arquitectos mexicanos culminaron las obras de Ciudad Satélite.

Las cinco torres de Ciudad Satélite en Naucalpan fueron diseñadas por Matías Goeritz.

Naucalpan se convierte en uno de los municipios más industrializados del país, reconocido así en 1975.

El 19 de marzo de 1976, la Legislatura del Estado de México decreta que el municipio de Naucalpan se denominará "??Naucalpan de Juárez"?. Ese año en los anexos del santuario se estableció el seminario en Los Remedios.

En 1990 se cumplieron 450 años de haber encontrado a la virgen de Los Remedios.