El poblado fue fundado a orillas del río Marabasco y dependía
del cacicazgo de Cuzalapa. Habitaban en la población no menos
de 500 mujeres por sólo 20 hombres que cuidaban a los pocos niños
que había. La primera expedición de los españoles
a la zona costera de Jalisco tuvo lugar en 1523 siendo encabezada por Gonzalo
de Sandoval. En un informe de Hernán Cortés al rey
de España, con fecha de 1528, menciona la provincia de Cihuatlán
afirmando que era una isla de mujeres y muy rica en perlas y oro.
Los asentamientos más importantes se localizaban en Cihuatlán,
San Patricio y Barra de Navidad; ésta última fue escenario
de un acontecimiento histórico, ya que de ese lugar zarpó
la expedición que conquistó las Islas Filipinas en 1565;
el judío Juan Pablo Carrión armó en Barra de
Navidad las cuatro naves que en 1564 partieron hacia Filipinas, llevando
como piloto mayor al gran marino Andrés de Urdaneta y a Miguel
López de Legaspi como capitán general. En 1564 se desmanteló
el astillero quedando casi despoblada Navidad y ahí quedó
una cruz grande que los oficiales habían colocado al iniciar
sus trabajos. En 1587 desembarcó el corsario holandés Francisco
Cambrio y viendo la cruz derribó sobre ella la galera y le
prendió fuego.
Por decreto del 14 de noviembre de 1824, Cihuatlán pasa del departamento
de Tuxcacuesco a Cuautitlán. Por decreto del Presidente de la República,
fechado el 16 de diciembre de 1825, se habilita el puerto de la Navidad
para el comercio de cabotaje y extranjero. El 29 de septiembre de 1865,
el poblado sufrió una grave inundación llamada 'borrasca'.
Se inundó el valle y la corriente se llevó el poblado;
al bajar las aguas los sobrevivientes vieron que el río que antes
pasaba lejos, ahora iba por el centro de la plaza.
El 20 de febrero de 1867 la mitra de Guadalajara, ordenó al párroco
de Cihuatlán, Rafael N. Murguía, que escogiera un lugar alto
y salubre para fundar el nuevo poblado, se escogió el sitio actual.
Se desconoce la fecha del traslado y el nombre de sus fundadores,
pero se sabe que eran tierras de Marcelino Maldonado, un vecino de Autlán.
Por decreto número 10 del 31 de marzo de 1883, la comisaría
de Cihuatlán se agrega al municipio de Autlán. En el decreto
número 1059 publicado el 12 de septiembre de 1904, se aprueba que
la comisaría de Cihuatlán sea erigida en Municipio.
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