El municipio perteneció a la intendencia de Puebla y cuando se hizo el cambio con las alcaldías de Tlapa e Iguala con el Estado de México, la Alcaldía Mayor de Cuautla se quedó con Zacualpan de Amilpas.
La división territorial fue causa de frecuentes trastornos y, en el año de 1849, al crearse los distritos de Morelos, a pesar de que los Municipios de Ocuituco, Zacualpan de Amilpas y Yautepec se erigieron de hecho, le negaron obediencia a la prefectura de Cuernavaca. Al crearse el Estado de Morelos, Zacualpan de Amilpas formó parte del distrito de Cuautla Amilpas.
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