El Instituto Nacional de Antropología e Historia, tiene registrados cinco sitios con petroglifos correspondientes al periodo de los Concheros, de ellos, el más estudiado se localiza a 4 km. al noroeste de Huajicori, denominado La Pila de los Monos. Se trata de un santuario excepcional, donde la mayoría de los símbolos se cincelaron sobre el espejo del agua de las pilas naturales que forman un canal del arroyo Chiote. Los símbolos son diversos; entre ellos, espirales, representaciones humanas, signos solares, fenómenos celestes, ciclos lunares y serpientes; los más tardíos, representan personajes con extraordinarios atavíos, símbolos solares y del peyote que pertenecen al simbolismo Huichol.
De la tradición Aztatlán, última ocupación prehispánica que se ubica cronológicamente en el año 700 d.C. hasta la Conquista, se asentó en este municipio un grupo etnolingüística llamado Tepehuano, que vivía en el declive de la sierra y fue tributario del Señorío Aztatlán, el más importante de ese periodo cultural del cual tomó su nombre. La evangelización de Quiviquinta y otros pueblos, se dio por la creación del Convento de Centicpac (Sentispac), creado en 1569.
El 22 de Mayo de 1714, se logró de la Nueva Vizcaya (Hoy Durango) el fundo legal de Huajicori, mediante una merced otorgada por don. Luis Ruiz de Guadiana, Alcalde mayor y capitán de la Nueva Vizcaya. La cristianización, trajo consigo la construcción del templo franciscano de La Cande laria en 1824.
El 3 de octubre de 1835, Huajicori se estableció como cabeza de curato, al pié de la sierra, con juez de paz y 242 habitantes,.
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