Se funda en 1480 por soldados del monarca zapoteco Cosijopí y el Congreso Local lo declara municipio el 15 de marzo de 1825 por el decreto número 47.
La historia de Juchitán se pierde en la oscuridad de los tiempos, pues solo consta que en 1484 era conocido por los mexicanos con el nombre Ixta-Cuachititlán, que fue conquistado por axayacat rey de México, después de Cosijoeza, Rey de Zaachila, quien lo mandó a poblar como una colonia de Zaachila; se pobló por los zaachileños en 1502.
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