La información con la que se cuenta hasta el momento es que se decretó el 15 de marzo de 1825, por la Ley de División y Arreglo de los Partidos que componen el Estado Libre de Oaxaca con el nombre de Magdalena Tlacotocapan y el 18 de noviembre de 1844, se registró con el nombre de Magdalena Yutenuya Peñasco, por los dos ríos que se unen al centro del poblado, y peñasco por el cerro de Gachupín. Desde 1901 se le conoce con el nombre de Magdalena Peñasco nombre que lleva hasta la fecha.
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