Los primeros habitantes de este pueblo se asentaron en el cerro de la Cruz. A este lugar anteriormente se le llamaba Suchitepec. Como prueba de esto se han encontrado vestigios de vasijas de barro, figuras de animales como la serpiente, perros y pájaros. Los caracteres grabados en algunos objetos de barro, hacen pensar que los primeros habitantes, fueron contemporáneos de los habitantes del municipio de Tequixtepec. La población ya vivía en este lugar cuando llegaron los españoles. Estos denominaban a Amatitlán como el Rancho del recibimiento desde 1730, al mismo tiempo se le denominaba el Rancho de los Jacales. En el año de 1829 se empezó a llamar al pueblo con el nombre de Amatitlán.
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