Según el Chilam Balam de Chumayel, el territorio del actual Quintana Roo fue el primer asentamiento de los Itzáes que llegaron del sur y fundaron en el año 435 d. C. la población de Syancan Bakhalal (hoy Bacalar).
Se dice que el gran señor Kukulkan (quien llevaba el mismo nombre del dios del viento) fundó la Liga del Mayapán, confederación que dura de los años 987 a 1185 d. C. Las poblaciones mayas asentadas en el estado de Quintana Roo participaron en esta confederación. A partir de entonces tuvo lugar una serie de luchas internas y en 1461 se establecen 16 cacicazgos en la Península de Yucatán, de los cuales podemos nombrar: Cochuah, Uaymil-Chactemal (Chetumal), Chikinchel, Tases, Cupul y Ekab (en la región norte de Quintana Roo).
El área geográfica donde actualmente se encuentra el poblado de Puerto Morelos, presenta vestigios de asentamientos de la cultura maya pertenecientes al Cacicazgo de Ekab, cuya influencia política abarcó desde Cabo Catoche hasta Tulum.
En 1893, México firma con Gran Bretaña el tratado definitivo de límites Belice-Quintana Roo (Tratado Mariscal Spencer), de esta forma Quintana Roo surgió como una región estratégica para Porfirio Díaz. La imprecisa fijación de la frontera, motivó al presidente Porfirio Díaz enviar al comandante Othón P. Blanco a esa zona, con los propósitos de hacer respetar la línea divisoria, impedir el tráfico de armas, reforzar los campaña militar del Gral. Ignacio Bravo contra los indios mayas sublevados y buscar la pacificación de la zona. Paralelamente lograr un establecimiento permanente de población mexicana (que había huido a Belice por la Guerra de Castas) en el territorio de Quintana Roo.
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