Este territorio del municipio estuvo habitado originalmente por el grupo étnico de los pimas altos. Fue fundado en 1775 por el capitán Bernardo de Urrea, con categoría de presidio militar, habiéndosele llamado sucesivamente Santa Gertrudis de Altar y Nuestra Señora de Guadalupe de Altar. Por decreto del 5 de septiembre de 1828 la Legislatura del Estado de Occidente le dio el nombre de Villa Figueroa, en honor del general José Figueroa, comandante general de Sonora y Sinaloa, quien acababa de someter al orden a la tribu yaqui, y el decreto del 10 de septiembre de 1932 le confirmó su nombre actual de Villa de Altar. Tuvo sus primeros ayuntamientos en 1814 y 1820. Durante el siglo XIX, Altar fue sucesivamente cabeza de partido y cabecera de distrito. Con jurisdicción sobre los actuales municipios de Caborca, Oquitoa, Tubutama, Sáric, Pitiquito, Puerto Peñasco y San Luis Río Colorado.
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