La palabra Huimanguillo proviene del náhuatl "Uei -man- co" o "Huimango", que significa "Lugar de autoridades grandes" o "Lugar del cacique principal".
El 27 de febrero de 1811 en Cádiz, España, el diputado José Eduardo de Cárdenas y Romero, en su "Memoria" hace la petición de que Huimanguillo se agregue a Tabasco. La solicitud fue aceptada por la corte española y en 1812 Huimanguillo estaba sujeto a Tabasco en todo lo concerniente a la administración de la Real Hacienda.
En 1840 pasó a depender de la cabecera del distrito de Acayucan, Veracruz, pero en 1857 de acuerdo a la Constitución de la República y por mandato del presidente Benito Juárez, se reintegra al Departamento de Tabasco en calidad de cabecera de partido, teniendo como pueblos a Tecominuacán, Mecatepec y Ocuapan, con todas sus riberas, haciendas y rancherías.
En 1847 la cabecera municipal se erigió en ciudad.
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