En el sitio conocido como '€œEl Tortuguero'€ en este municipio se han encontrado importantes vestigios de la cultura maya, desafortunadamente, la extracción de piedra caliza por parte de una compañía constructora, ha devastado el sitio al punto de que plataformas y edificios que ahí habían han desaparecido por completo. No obstante, aunque no se pueda precisar si esas ruinas pertenecieron a la cultura maya zoque, el florecimiento del sitio debió darse durante el llamado período clásico y clásico tardío (siglos VI-IX).

Durante la expedición punitiva de Hernán Cortés a Las Hibueras (1524-25), el conquistador indica haber pasado por una población llamada Tepetitlán, que pudiera corresponder al actual pueblo de Tepetitán en este municipio.

Sin embargo, es el dominico fray Pedro Lorenzo de la Nada, fundador de la actual población de Palenque, Chiapas, quien durante sus andanzas evangelizadoras por Tabasco, visita Tepetitán, Macuspana y Aguacapa (1571-72).

De la misma forma, en las '€œRelaciones Histórico Geográficas de la Provincia de Tabasco'€ de Melchor Alfaro Santacruz, aparece Macuspana con 27 indios tributarios y es encomienda de Juan de Rebolledo; la segunda encomienda es de Ana de Salas.

Según el sabio José Narciso Rovirosa, en un ensayo sobre los orígenes de Macuspana escrito en 1893, asegura que la fundación de la villa de Macuspana fue el 17 de febrero de 1665. En este mismo año, el 15 de mayo, según el investigador Justo Cecilio Santa Anna, fue hallada en Macuspana la imagen del Señor de la Salud, '€œen la confluencia del arroyo y río del mismo nombre, metido en una caja de cedro'€.

Hasta mediados del siglo XVIII, Macuspana y Tepetitán, las dos principales poblaciones de este municipio dependían del partido de Jalapa, pero una vez cumplidos los requisitos necesarios, la colonia española por medio del gobierno colonial en Tabasco, le nombra su primer teniente gobernador para liberarlos del tutelaje de Jalapa, por lo que en 1794, Macuspana es designada cabecera de uno de los nueve partidos que integraban la provincia de Tabasco.

Durante el movimiento de independencia, el juez real José Rovirosa, el cura coadjutor Lorenzo de Sala, el diputado Antonio de Andrade y varios vecinos de Macuspana, firmaron un acta en la que niegan toda relación de los habitantes con los congresistas de Apatzingán y el movimiento insurgente.

En 1825, Macuspana pasa a depender del departamento de la capital cuya cabecera es San Juan Bautista.

Desatada la lucha entre centralistas y federalistas por el control del país, a mediados de febrero de 1840 en el pueblo de Tepetitán, Macuspana se levanta en armas contra el gobierno centralista Fernando Nicolás Maldonado, quien recibe ayuda de Yucatán y el apoyo de los tabasqueños Justo Santa Anna, Manuel Buelta, Agustín Ruiz de la Peña y Salvador Calcáneo, entre otros. Las fuerzas de Maldonado estaban al mando del capitán Manuel Arauz y del mayor Lázaro Mendoza.

El 12 de marzo de 1840 las fuerzas federalistas de Fernando Nicolás Maldonado tomaron Macuspana y desconocieron el gobierno del general José Ignacio Gutiérrez en Tabasco.

Ante la tenaz resistencia de los centralistas en la capital del estado, Maldonado decide el 17 de julio de 1840 dividir sus fuerzas organizando un sitio desde Cunduacán, Macuspana y Frontera; en Macuspana las tropas federalistas quedan al mando de Justo Santa Anna y Agustín Guítar, a quienes a mediados de septiembre de ese año se les une el propio Maldonado con 380 hombres provenientes de Frontera.

El 25 de mayo de 1848 por decreto del congreso del estado, la población de Macuspana es elevada al rango de villa con la denominación de villa de San Francisco de Macuspana; firmaron el decreto los diputados Marcelino Gutiérrez, Gregorio Payró y Clemente de Sala.

Debido a las serias dificultades surgidas por el control de la comandancia militar de Tabasco la que se negaba a entregar el coronel Miguel Bruno Daza, el 2° cabo de la comandancia, coronel Manuel Pelaez Callejón se refugia en la villa de San Francisco de Macuspana el 9 de junio de 1848 y al día siguiente hace lo mismo el gobernador Justo Santa Anna, estableciendo el gobierno aquí. Como las dificultades continuaron, el gobernador Santa Anna solicitó licencia por enfermedad el 13 de julio, retirándose a su finca '€œEl Carmen'€ en este partido.

En octubre de 1850, Macuspana vuelve a ser una de las cabeceras de partido que integran el departamento del Centro, y a fines de ese año, es uno de los 12 partidos en que se divide el estado de Tabasco.

En 185,3 un brote de levantamiento contra el gobernador Joaquín Ferrer Martí dio inicio en la villa de Santiago de Teapa y en Tacotalpa; se supo que el movimiento estaba dirigido por Justo Santa Anna, quien operaba desde su finca '€œEl Carmen'€ en Macuspana; el gobernador Ferrer al enterarse de que los rebeldes tomarían la villa de San Francisco de Macuspana donde Santa Anna asumiría en forma real el control del movimiento, envió una fuerza de milicianos al mando de Pedro López, una fuerza regular jefaturada por el teniente Pomposo Díaz del Castillo, y como a 50 nacionales a las órdenes de Prudencio Torres, los que causaron una gran derrota a los rebeldes.

Entre 1856 y 1857, el presbítero Paulino Méndez entrega el curato de Macuspana a Manuel Gil Sáenz; el primero marcha a Teapa.

A principios del mes de marzo de 1868 se dio un levantamiento contra el gobernador Felipe de Jesús Serra Campos en Macuspana, los rebeldes Ezequiel Jiménez y su segundo Juan Correa, se enfrentaron a las fuerzas gobiernistas al mando del teniente Pomposo Díaz del Castillo, los que les infringieron una total derrota; en el combate murió el valiente subteniente Atilano Orozco.

El 27 de enero de 1882, el presbítero Manuel Gil y Sáenz molesto porque no se le había nombrado obispo de Tabasco, colgó los hábitos y se domicilió en San Carlos, Macuspana.

De acuerdo a la IV Constitución Política del Estado, a partir del 4 de octubre de 1883, Macuspana pasa a constituirse en una de las 17 municipalidades de la entidad.

El 17 de noviembre de 1905, Manuel Gil y Sáenz, comunica al periodista Manuel Mestre Ghigliazza, que él había sido el primero en descubrir la '€œmina de petróleo de San Fernando, en el año de 1860'€.

En octubre de 1914, el jefe político de Macuspana, capitán Alcides Caparroso Santamaría, en nombre de la revolución triunfante atestó las cárceles y las iglesias de presos políticos e inició la ejecución sumaria de éstos. 19 personas entre menores de edad y ancianos fueron fusilados en el panteón municipal, antes de que Caparroso fuera destituido; este sangriento evento se le conoce como la '€œMasacre de Macuspana'€.

El 28 de agosto de 1915, el coronel comalcalquense José Gil Morales encabezó un cuartelazo en la capital del estado que costó la vida al gobernador, general Pedro C. Colorado, quien apenas horas antes había asumido el poder ejecutivo; días después, Gil Morales y otros cabecillas huyeron con rumbo a Tacotalpa, siendo sorprendidos entre Tepetitán y Macuspana por las fuerzas constitucionalistas al mando del general Francisco J. Múgica; durante el combate Gil Morales escapó dejando muerto al capitán Andrés Superano, uno de los principales inodados en el cuartelazo.

En 1930, la cabecera municipal fue elevada a la categoría de ciudad, y el 4 de mayo de 1946 por mandato constitucional, Macuspana es uno de los 17 municipios del estado libre y soberano de Tabasco.