En el año de 1806, pobladores de las haciendas de San Antonio y San Vicente, solicitaron a la vicaría de Ocosingo, terreno propio para fundar un pueblo nuevo, eligiendo el paraje de Nacashlan, "que dista a cinco leguas al sur, camino real a Comitán, en las cercanías del río Tzaconejá".
En 1881 aparece el pueblo Nuevo Nacaxlán, sobre la antigua finca San Carlos. El 6 de noviembre de 1911, sobre este pueblo que había pertenecido al Departamento de Chilón, se erige el municipio, siendo el pueblo de San Carlos la cabecera, agregándose al Departamento de Comitán su jurisdicción. El 16 de enero de 1933, por disposición del gobernador Victórico R. Grajales, el pueblo de San Carlos es elevado a la categoría de Villa con el nombre de Villa Enríquez, en honor al gobernador Raymundo Enríquez. El 25 de enero de 1935, el mismo Gobernador le cambia nuevamente el nombre por el de Villa Altamirano en homenaje al poeta Ignacio Manuel Altamirano. El 20 de julio de 1942, por disposición del gobernador Rafael Pascacio Gamboa se eleva a municipio .
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