El nombre de Amatán significa en náhuatl «lugar
de amates». Antes de la conquista española el actual territorio
del Municipio perteneció a la nación Zoque. El poblado colonial
fue creado a raíz de la cédula expedida el 10 de julio por
la corona española, por medio de la cual se ordenaba reunir en poblados
a los diversos grupos étnicos, con el fin de poderlos castellanizar
y evangelizar, disposición que se llevó a cabo hasta 1549.
En 1708, Amatán aparece como pueblo tributario de la «real
hazienda y caxa de la ciudad de Santhiago de Goathemala». En 1900,
se inscribe en el Censo de Población con la categoría de
Municipio libre; posteriormente, desciende a la categoría de agencia
municipal, para ser elevado nuevamente a Municipio de tercera el 23 de
noviembre de 1922. El 25 de febrero de 1942, el Municipio ascendió
a la categoría de segunda.
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