Los primeros habitantes del Municipio fueron de origen zoque; posteriormente
llegaron los toltecas y después los aztecas, quienes se asentaron
en el territorio del Municipio. En esta época los habitantes de
la Región solían alquilarse como cargadores y comerciaban
la grana (Cochinilla)En los primeros años del período colonial,
los zoques de Pantepec fueron repartidos en encomiendas por los conquistadores
españoles, sufriendo tratos duros. En 1612, el pueblo era administrado
por Tecpatán, donde se encontraba el convento desde el cual se organizó
la labor evangelizadora de la Región; en 1790, a raíz de
las reformas borbónicas, Pantepec pasó a depender al partido
de Tuxtla y a la subdelegación de Ixtacomitán.
El 13 de noviembre de 1882, se creó el departamento de Mezcalapa
del cual pasó a depender.
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