Esta región fue sometida por los misioneros jesuitas alrededor
de 1640, a cuyo Gobierno estuvo sujeta hasta 1753, cuando se secularizaron
las Misiones y pasó a depender de la autoridad de Valle de Olivos.
En 1847 obtuvo categoría de municipio por decreto del Congreso del
Estado.
La cabecera municipal es el pueblo de Huejotitán, situado en
la margen izquierda del río de su nombre. Fue fundado en 1639 por
los misioneros José Pascual y Nicolás de Zepeda y por muchos
años fue Cabecera de las Misiones.
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