En la época prehispánica algunas tribus matlatzincas y otomíes se asentaron en las cercanías de los meandros próximos a las márgenes del río Chicnahuapan o Chiconahuapan, hoy Lerma, para conseguir su sustento, denominando al sitio Almoloyán.

A la llegada de los españoles la palabra fue modificada por Almoloya, corrupción de la original, Durante la evangelización se le agregó San Miguel Almoloya y es actualmente Almoloya del Río.

Almoloya. Nombre del idioma sonoro náhuatl cuya etimología deriva de las radicales: al, contracción de atl "??agua"?; molo de molloni o mollini, "??manar"?, "??brotar"?; y la partícula verbal ya, yan, "??en"? o "??donde"?, "??lugar"?. "Donde brota el agua", "el lugar donde mana el agua a borbollones".

Los cazadores especializados, los habitantes de las riberas de la zona lacustre cazaban mamuts y otras enormes especies. Almoloya estuvo ubicado a la orilla de las ciénagas y lagunas del Chicnahuapan.

Las primeras comunidades sedentarias que datan de 5000 a 1000 a.C. descubrieron la agricultura y predominó el teozintle; de esta forma los grupos nómadas de Almoloya se establecieron y construyeron viviendas.

En el periodo preclásico inferior se incrementó el cultivo, recolección, caza y pesca; se iniciaron las agrupaciones familiares rudimentarias.

En el periodo preclásico superior se comenzaron a integrar las primeras aldeas en núcleos ceremoniales, cultivaron: maíz, frijol, calabaza y chile en chinampas e irrigando la tierra de las playas. 

El valle de Toluca lo habitó este pueblo tan viejo, tan misterioso, cuyos orígenes todavía no conocemos bien, como lo fue el otomí.

Entre los años 650 y 850 de nuestra era, un grupo de matlatzincas y otomíes funda Almoloya del Río. Rendían culto a la divinidad de la noche: el jaguar olmeca, en el teocalli del Xiutépetl de Xaxalpa.

Época prehispánica

Mixcóatl llegó al valle de Toluca a conquistarlo, fundó Tolocan o Toluca, y Almoloya del Río, Tenango, Malinalco y Zoquitzinco, en su ruta hacia la tierra caliente.

En 1428, el Códice García Granados, muestra la extensión del imperio tepaneca en el que quedan incluidos muchos pueblos del Valle de Toluca, a saber: Tenantzinco, Tajimaroa, Almoloya del Río. El Valle del matlatzinco, el grupo otomí-matlatzinca, heredero de los teotihuacanos dejaron su arte en: Ojo de Agua, Teotenango, Los Cerritos, Almoloya del Río, Techuchulco, Calimaya, Ocoyoacac y otros lugares.

Conquista azteca del valle del matlatzinco, en 1476, año en el que Axayácatl, consolida el imperio azteca, Almoloya quedó bajo la jurisdicción de Tlacupan o Tacuba y dentro de la división tributarla quedó incorporada a la provincia de Cualiuacán o Culhuacán.

En 1521, el alguacil de Cortés, Gonzalo de Sandoval apoyado por otomíes del Valle de Toluca, conquista los pueblos del Matlatzinco, entre ellos Almoloya del Río.

A mediados del siglo XVIII la provincia de Metepec fue una de las mayores en territorio, población y jurisdicción en la Nueva España, y a ella pertenecía San Miguel Almoloya del Río. Nicolás Tolentino, gobernador de Almoloya y Techuchulco se reeligió por seis años, los habitantes protestaron ante las autoridades de Metepec, pero no les permitieron celebrar nuevas elecciones y gobernó por dos años más.

Durante la época colonial, Almoloya por Encomienda dependía de la hacienda de Ateneo.

El 19 de noviembre de 1528, Cortés, Marqués del Valle, nombró como primer gobernador y corregidor del Estado y Marquesado de Toluca, con cabecera en Calimaya, a Juan Gutiérrez Altamirano; Almoloya quedó incluido.

Dentro de la Encomienda se hallaba el entorno de Almoloya, Tenango del Valle y Malinalco.

Almoloya del Río fue desde la época prehispánica un pueblo sujeto a Xalatlaco, de donde llegaron sus primeros pobladores.

A mediados del siglo XVI, en 1594, Almoloya del Río seguía sujeto a ese pueblo.

Hasta 1808, los pueblos subordinados a Almoloya del Río fueron: San Mateo Texcalyacac, Santa Cruz Atizapán y San Pedro Techuchulco.

El sur y el sureste del Valle de Toluca, hacia donde se localiza Almoloya del Río, estuvieron en Encomienda desde 1528 al licenciado Juan Gutiérrez Altamirano.

Las propiedades del primo de Cortés, entre las que destaca la hacienda de Ateneo, se extendieron hasta el pueblo de Almoloya; se tiene conocimiento de que hasta 1532 Gutiérrez Altamirano fundó la primera ganadería de reses bravas en Ateneo.

La hacienda de Almoloya, que era parte del Mayorazgo de Gutiérrez Altamirano, se localiza aproximadamente a dos kilómetros del centro de la población.

Santa María Nativitas fue una pequeña población sujeta a Almoloya del Río, que probablemente existió desde la época prehispánica.

Hacia el último cuarto del siglo XVI las autoridades virreinales ordenaron la congregación de grupos indígenas, dispersos hasta entonces en numerosos pueblos. Esta medida se aplicó en Almoloya del Río.

Entre los siglos XVI y XVII, se erige para honrar a San Miguel Arcángel la iglesia de Almoloya del Río.

A mediados del siglo XVII Almoloya del Río era uno de los 36 principales pueblos sujetos a la alcaldía mayor de Metepec y contaba con 156 familias indígenas. Tenía gobernador, alcalde y oficiales propios.

En los albores de la guerra de Independencia, Hidalgo después de pasar por el puente de Ateneo, llega a Tianguistenco el 29 de octubre de 1810. A su paso por las cercanías del pueblo muchos almoloyenses se agregaron al ejército insurgente.

En 1812, las tropas de Ignacio Rayón combatieron contra los realistas en el llano de Almoloya, Junto a Tianguistenco.

En 1812 las fuerzas realistas de Barrachina, destacadas en Lerma, al mando de Barrachina, se enfrentaron a las fuerzas de Rayón, precisamente en el llano de Almoloya del Río.

El 26 de marzo de 1847, Almoloya del Río se erigió como municipio.

En 1866, el territorio originalmente señalado al municipio fue reducido, cuando a moción de José Atilano fue erigido el municipio de Texcalyacac.

El 18 de octubre de 1870, fue segregado del territorio municipal, Santa Cruz Atizapán por su erección como municipio.

1877: El gobernador de la entidad, Juan N. Mirafuentes con su gabinete, visitaba con frecuencia a Almoloya del Río y le gustaba comer en la isla que posteriormente adoptó su apellido. El 26 de octubre de 1884, 300 personas, arengados por el fraile Isidro García, atacaron a 40 evangelistas del pueblo, muriendo el Pastor Landa, Nicanor Gómez y Nicolás Muciño, a consecuencia de sus heridas.

El 28 de agosto de 1827, Almoloya del Río recuperó las tierras que durante la Colonia le fueron desalojadas por diversos títulos, hasta quedar totalmente comprendidas en la hacienda de Almoloya. 

En 1854, los pueblos sujetos al Juzgado de Paz de Almoloya del Río eran: San Pedro Techuchulco, San Mateo Texcalyacac, Santa Cruz Atizapán y el Rancho de Almoloya.

En 1889, Almoloya del Río, perteneciente al distrito de Tenango del Arista; tenía una superficie de 18 kilómetros cuadrados y su población ascendía a 2,513 hombres y 1,227 mujeres.

En 1899, W. Mackenzie propuso la captación de los manantiales del río Lerma como una alternativa para dotar al D. F.

De 1899 a 1920, se fundaron las sociedades mutualistas de Almoloya del Río, algunas aún continúan con su labor de apoyo a los almoloyenses.

Iniciada la Revolución Mexicana, algunos almoloyenses se afiliaron a las fuerzas federales, zapatistas, villistas y de Genovevo de la O. y construyeron un cuartel en Almoloya.

En 1913, Genovevo de la O. tomó prisionero al presidente municipal Apolonio Vázquez. Su prima Porfiria Cárdenas intercedió ante el militar para que no lo fusilara.

Destacaron como zapatistas: Miguel Melitón, Pedro Romero, Jesús Alvirde, Arnulfo Miraflores, Celso Landa, Jacinto Arizcorreta, Otilio Torres, Toribio Gutiérrez, Juan Gutiérrez y Lorenzo Martínez.

Destacaron como federales: el capitán Ignacio Flores, Valentín Morales y Cecilio Gutiérrez.

Destacó en las filas villistas: José Velázquez.

Destacó en las filas constitucionalistas: Crisóforo Hernández.

1915, al combatir federales y zapatistas incendiaron el palacio municipal destruyendo el archivo oficial. Juan Hernández logró rescatar una pequeña parte de los documentos.

De 1914 a 1917, hubo una epidemia de tifo que cobró múltiples vidas, los cadáveres se inhumaban en la fosa común.

Entre 1915 y 1917, el hambre azotó al pueblo. Antonio Barbabosa, de su hacienda de Ateneo, regalaba carne para los más indigentes.

El 16 de mayo de 1916, la gente es evacuada de San Lorenzo Huehuetitlán y es acogida por el pueblo de Almoloya.

Entre 1917 y 1918, se agregó otra epidemia de gripe o influenza española, que, al igual que la tifoidea, cobró gran número de víctimas.

El 12 de octubre de 1933, la Junta Patriótica, escenificó en trajinaras, el "Descubrimiento de América"?, Feliciano Guzmán personificó a Colón.

Hacia 1938, cuando la población del Distrito Federal era de un millón doscientos mil habitantes, el viejo proyecto de captar las aguas del río Lerma volvió a tomar vigencia.

El 21 de junio de 1942, fue inaugurado el reloj público, y el presidente de México Manuel Ávila Camacho inició las obras de captación del río Lerma.

En la década de los cincuenta, el joven Benigno Reyes aprendió en el Distrito Federal el oficio de la confección de ropa, mismo que inculcó a otros almoloyenses, naciendo de esa manera la industria de la confección.

El 23 de junio de 1950, jueves de corpus por la noche, desecaron la laguna de Chignahuapan, el agua fue conducida hacia la ciudad de México. El 4 de septiembre de 1951, Miguel Alemán Valdés, presidente de la República, inauguró las obras, y envió al ejército a resguardar los pozos, bombas y acueducto.

En 1961, durante la construcción de una escuela secundaria, Andrés Castoreno resbaló accidentalmente, cayendo desde la altura de la losa, lo que le ocasionó la muerte.

Entre 1982-1984, se construyó el "Centro de Salud", el Colegio Nacional para la Educación Técnica Profesional", y un tanque de almacenamiento con capacidad de 10,000 litros.