La región donde hoy se asienta Apaseo el Alto estuvo poblada por otomíes, quienes la denominaban Atlayahualco, que significa "Lugar de manantiales" o "Por donde el riego rodea la tierra".
La historia de Apaseo se remonta a la época precolombina. En el tiempo de la fundación por los españoles, ya existían los nombres de Apaseo y de Atlayahualco. Este, más antiguo y de origen mexicano, 5, esta ciudad fue conquistada por los caciques indígenas españolizados Nicolás San Luis Montáñez y Fernando de Tapia, y de esta manera comenzaron a llegar los hispanos, quienes se repartieron la tierra que había pertenecido a los nativos. Ya con el nuevo nombre de San Andrés Apaseo el Alto, fue incorporado para efectos administrativos el entonces distrito de Celaya. En el siglo XIX se incorpora territorialmente a la entonces villa de Apaseo el Grande, y es hasta el 18 de diciembre de 1947 cuando por decreto de la Legislatura local, le es concedida la categoría de municipio, con el nombre de Apaseo el Alto.
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