En 1694 el franciscano Diego de Muñoz escribió un registro de los caminos que unían a Valladolid (Morelia) con la Nueva Galicia, y en esta obra se menciona a Ejutla como un pueblo importante de una de esas rutas.
Existe la copia de una acta levantada en esta población el 5 de agosto de 1727, mediante la cual se dio la posesión de tierras a una comunidad indígena; en este documento se menciona al pueblo con el nombre de San Miguel de Ejutla.
La Estadística de la Provincia de Guadalajara, de 1823, ya menciona a Ejutla como ayuntamiento. En 1825 pertenecía al 6° Cantón de Autlán.
Por decreto número 441 publicado el 2 de agosto de 1875 se establece la municipalidad de Ejutla, comprendiendo a la comisaría de San Juan de Amula.
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