Cotija viene de cutixani, palabra de origen chichimeca que quiere decir "lugar donde la garganta está más ensanchada". Durante los primeros años del dominio español, formó parte de la encomienda de Terecuato-Tepehuacán, concedida a Don Antonio Caicedo y en el último cuarto del siglo XVI el virrey autorizó que familias españolas se asentaran en el valle, formándose una congregación dentro del corregimiento de Tingüindín. Entre las estancias fundadas por los españoles, sobresalió la del Rincón de Cotija, donde se construyó una sencilla capilla y se volvieron costumbre los domingos de tianguis, lo que vino a reforzar la posición del Rincón, pues en 1740 se contaba con una vicaría fija, atendida por un sacerdote de planta, la cual dependía de la parroquia de Tingüindín.
Como cabecera de Distrito, solamente duró cuatro meses y medio. Por este tiempo, apareció el primer periódico cotijense, El Pacífico, bajo la dirección de su fundador Fermín Mendoza Valencia.
El 23 de abril de 1896, el Gobernador del Estado, Aristeo Mercado, decretó que a partir del 5 de mayo de ese año, se le otorgara el título de la Ciudad, con el nombre de Cotija de la Paz.
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