Palabra de origen chichimeca que significa "lugar de curación". En la época prehispánica, el lugar fue sometido al dominio territorial del señorío tarasco por Hirépan, Hiquíngare y Tanganxoán, quienes ordenaron se originara un "CU" o templo, para adorar a la diosa Cuerecuaperi, "la madre creadora de la vida y de la muerte" y en cuyo honor se celebra cada año, la fiesta de Sicuindiro.
En el siglo XVI, la región fue dominada pacíficamente por el conquistador español Don Luis Montañez, quien fundó el pueblo aproximadamente en 1530. Se instaló en Zinapécuaro una "República de Indias" para lo cual se instaló una Alcaldía Mayor y posteriormente un corregimiento tributario. La evangelización la llevaron a cabo frailes franciscanos, quienes edificaron entre 1530 y 1536, el templo y el convento.
En los primeros años del México Independiente, el 10 de diciembre de 1831, se decretó la creación del municipio de Zinapécuaro. Posteriormente se le otorgó a la cabecera municipal el título de Villa, llamándosele Villa de Figueroa, en memoria del cura del lugar y benefactor de la población Don Juan Bautista Figueroa Alcaraz.
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