La región que hoy forma este municipio fue habitada por grupos indígenas denominados pames o huicholes, los cuales no dejaron ruinas ni cultura por ser de las regiones más pobres del país; sólo se sabe que habitaron en un lugar llamado las Atarjeas, situado al noreste de la cabecera municipal.
A principios del siglo XVIII llegó un grupo de familias con el fin de explotar el maguey. Inmediatamente los pobladores fundaron un poblado al que le pusieron por nombre San Antonio de Medina, a medio kilómetro al oriente de lo que hoy es la cabecera municipal.
San Antonio de Alamitos fue el primer ejido fundado en 1930. Como buenos ciudadanos en defensa de su patria, Mier y Noriega dio soldados que se distinguieron por su valor como fue Guillermo Estrello Gonzálezque más tarde recibió al grado de presidenciales en la ciudad de México.
Otros como Francisco Sánchez Cordero, Toribio Sánchez, Fortunato Perales, Luis Cerda, Antonio Torres y otros muchos que por su lealtad dieron su vida en aras de la Patria.
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