Fue fundado el viejo Zahuatlán en el año 1100 de nuestra era, se cree que los años 1522-1523 fueron trágicos para Zahuatlán por que desapareció físicamente, sus habitantes fueron diezmados por las enfermedades como el cólera, la peste, el sarampión, la viruela, y se cree de ahí que se le dio el toponímico 'entre leprosos y sarnosos'. Se desconoce a ciencia cierta como surge nuevamente Zahuatlán, pero se han encontrado osamentas, utensilios, jade, mosaicos, conchas, etc., que demuestran que son de antes de la fundación de Monte Albán o bien a la par de ella, por la similitud de las vasijas encontradas.
En el año de 1710 vuelve a resurgir Zahuatlán con nuevas formas de trabajo en el barro y una mejor perspectiva para el futuro.
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