Este pueblo es de origen prehispánico, por los hallazgos arqueológicos encontrados se sabe que fue un asentamiento zapoteca desde tiempos inmemoriales. Antiguamente su nombre en zapoteco fue Zaapeche (lugar de muchos Jaguares), en la primera expedición española a Oaxaca en 1521 fue nombrado 'San Jacinto Leóntepec'. Posteriormente fue nombrado San Bartolomé Coyotepec, San Bartolomé el santo del pueblo, Encomendador Bartolomé Sánchez, soldado de Hernán Cortés, aproximadamente en 1532 se autorizó a la colonia española la edificación del templo católico de este pueblo; también fue nombrado primer cabildo a la usanza Española. El pueblo de San Bartolo se distinguió por su trazo y por su bonanza como una ciudad. Estaba constituido de tres barrios, el del centro, el del sur y el del Norte (Barrio de Santa María, y otros dos fundados un tiempo después por familias de San Bartolo (el barrio de las Santas Animas), hoy Animas Trujano y el barrio de San Jacinto actualmente San Juan Bautista la Raya. Aquí en el pueblo de San Bartolo fue el único donde se trabajó y se trabaja la artesanía de barro negro. El pueblo fue trazado por el mismo Arquitecto,que trazó la ciudad de Oaxaca a la manera de tres por tres,esto es tres manzanas que circundan a la del centro del pueblo.
En la capilla de San Mateo Coyotepec estuvo el estandarte que portó Cortés durante la conquista con la imagen del perpetuo socorro. En este municipio se ha bailado desde la antigüedad dos danzas importantes de conquista, ( la de la Pluma y la de los Jardineros Moros y Cristianos'. En este pueblo pasó el General Vicente Guerrrero cuando lo llevaron preso hacia el pueblo de Cuilapan, también estuvo el general Porfirio Díaz escondido durante su persecuciónen tiempos de la invasión francesa.
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