Actualmente es un pueblo zapoteco, de origen indígena y prehispánico.
Muchas son las tesis sobre a quienes se le atribuye su fundación.
Se sabe, haciendo una referencia histórica del padre Burgoa y Gay,
que la región, casi en su totalidad fue denominada por tribus zoques-mixes
después del siglo XVII d.C., quienes posteriormente fueron expulsados
por los huaves en los siglos XI o XII es muy probable que Ixhuatán
se haya iniciado con algún asentamiento zoque y posteriormente haya
pertenecido a los huaves. Por lo tanto Ixhuatán debió tener
un nombre en zoque aunque ahora esté extraviado, su nombre actual
se le debe al impuesto por mexicas.
Ixhuatán perteneció por largo tiempo a San Francisco del
Mar, hasta llegar incluso a ser primero su ranchería y posteriormente
su cabecera municipal. Según la tesis histórica del historiador
Braseur de Bourbourg, se cree que por la posición geográfica
que ocupa San Francisco del Mar, el pueblo perteneció a algún
asentamiento humano de origen huave. Sobre esta tesis Bourbourg,
menciona que los huaves se asentaron primeramente en “Wachilaif”, punta
arenosa que se ubica entre el mar y la laguna de “Maxlán Duic”,
hoy el actual San Francisco del Mar.
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