Según escritos muy antiguos vistos por las personas de mayor edad en el pueblo,se asegura que el origen antiguo del hoy San Martín Tilcajete se remonta a 200 años antes de Cristo,siendo una comunidad zapoteca con todos los estratos sociales ubicada en la cima del cerro denominado 'Los Mogotes'; posteriormente este pueblo se mudó hacia el paraje 'El Palenque'.A su decadencia y como producto de las invasiones de otros pueblos nómadas,se trasladan a un lugar conocido como 'Cerro Chile',sitio que abandonaron para ubicarse donde actualmente se encuentra la comunidad. Cabe mencionar que en los parajes citados se han encontrado vestigios arqueológicos.
Al principio las casas construidas estaban muy separadas y no existía un orden entre sus calles,puesto que eran más bien caminos adaptados para el tránsito de carretas y las manadas de animales. Se sabe que antes de llamarse San Martín Tilcajete,el pueblo se llamaba 'Zapotitlán o Zapotitlán del Valle',ya que en este lugar abundaban los árboles que dan la fruta conocida como 'zapote negro'; en la actualidad es raro ver un árbol de zapote.
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