En la época prehispánica el nombre que tenía esta población era Tlilhuaca en lengua náhuatl, cuyo nombre hacia referencia a Titlacahuan, uno de los nombres de Texcatlipoca, deidad creadora del cielo y de la tierra y los alimentos; por lo tanto, Tlilhuaca significa literalmente: 'lugar que tiene a Titlacahuan pero en el sentido mítico - religioso significa: 'lugar o región del rojo y negro, de la vida y la muerte'. Este pueblo, fungió como centro religioso de toda la comarca, de ahí que recibiera el nombre de una deidad.
Por otra parte, este pueblo pertenecía a la cultura mazateca y aún cuando en lo religioso seguía los ritos de la cultura mexica no estaba del todo sujeto a Tenochtitlán, toda vez que sus tributos los rendía a Teotitlán; fue también, por su carácter de centro religioso, panteón de la nobleza mazateca, como así lo atestiguan las ruinas del cementerio que aún perduran en lo alto de su cumbre a manera de santuario o de atalaya desde la cual se domina a toda la comarca.
Después de tanto trámite, se logró el dictamen correspondiente a la modificación del nombre del municipio, antes San Mateo Eloxochitlán y a partir del año de 1984 San Mateo Yoloxochitlán. Reseña histórica del árbol Yoloxochitl: considerando de suma importancia la vida añeja del árbol representativo de este pueblo, a continuación se realiza una pequeña reseña;
Se han recopilado datos a cerca del árbol Yoloxóchitl con las personas más ancianas de la población de San Mateo; la mayoría coinciden en que el árbol de Yoloxóchitl, que se desprende del vocablo en lengua náhuatl y que quiere decir'Flor de Corazón' y en vocablo mazateco, conocido como 'Ya naxo tota', desde que la mayoría de ellos tuvieron uso de razón ya existía.
Cuentan que al platicar con sus antepasados saben que este árbol es histórico por varios acontecimientos que han sucedido en torno a el, uno de ellos y que es muy remarcado, es la llegada de los franceses después de la batalla de puebla en 1862, en donde sufrieron una tremenda derrota y por lo que en desbandada de 1863 a 1864 un grupo de esta gente, al pasar por este pueblo acamparon a la sombra del citado árbol, pues para ellos fue un lugar paradisíaco, pues se encontraron el liquido preciado para mitigar su sed, porque hace muchos años al pie de este había una laguna de la que todos los habitantes del pueblo de aquella remota época se surtían de agua en este lugar.
Cabe destacar que en dicho manantial o laguna existía un ser desconocido quien era el que cuidaba del agua, pues se hace notar que todo aquel que se abasteciera de agua tenía que hacerlo con toda limpieza necesaria, pues según los ancianos que narran esta historia, mito o versión, todo aquel que no cumpliera con las normas establecidas o se le ocurriera lavarse los pies, las manos o bañarse en este lugar, desaparecía no volviendo a saberse de el o de ella jamás, solo se sabe que servía de alimento a los guardias que hasta la fecha siguen cuidando de el.
Después de varios acontecimientos de esta naturaleza todos los que conforman en consejo de ancianos de aquella época, decidieron tapar la entrada del manantial por lo que ahora vemos una roca grande al costado del árbol, misma que sirve de tapón a la entrada del manantial, y con el paso del tiempo sus aguas aparecieron nuevamente más abajo. En la época presidencial del C. Leobardo Pereda García, hombre de carácter fuerte y decisivo ordeno la construcción de un tanque de almacenamiento para la conservación del agua.
Con todo lo anterior narrado no quiere decir que el lugar sea encantado, se debe considerar como una mitología propia del pueblo de San Mateo; hasta la fecha y aunque han pasado muchos años, aun se tiene la creencia de que en las copas de este árbol decadente que en sus tiempos hermosos adornaran este lugar con una gran sombra y que en momentos de chascarrillos hubo quien lo llamara kincong, existe una serpiente que es la que cuida de el, misma que, mientras nadie la ofenda no causa daño alguno.
Esta serpiente no se deja ver con cualquiera, tiene su propia época y va de acuerdo con las fases de la luna; algunos cuentan haberla visto solo en los días de luna llena, misma que resplandece por sus variados colores; además aquí hacen sus nidos los búhos y los gavilanes que son los que se encargan de alimentar al reptil según cuentan.
Esto desde hace mucho tiempo a estado descuidado pero a pesar de esto y de las maldades que ha sufrido por propios y extraños y por la naturaleza misma, aun se conserva una pequeña parte, pues considerando que este árbol es una reliquia que aun le queda al pueblo de San Mateo Yoloxochitlán, todos los habitantes le guardamos respeto muy merecido y a pesar de haberse tapado la entrada a la laguna que se encontraba a sus pies, no desapareció este manantial, puesto que aun existe y actualmente es conocido como agua grande, del que hasta la fecha consumimos todos.
Desde el período del C. Prof. Patricio Pereda García (Q.E.P.), en 1954-1956, solicito ante la H. Cámara de Diputados, que San Mateo llevará como apellido Yoloxochitlán, ya que desde que se funda en 1521, ha sufrido varios cambios, pues según al principio fue San Mateo Tlaltihuacan, posteriormente San Mateo Huautla, y por equivocación la H. Cámara de Diputados lo da a conocer como San Mateo Eloxochitlan, 'Lugar de la Flor de elote'.
Muchos años tuvo como apellido San Mateo Eloxochitlan; no hubo descanso por las autoridades y siguieron insistiendo, y no es sino hasta el periodo presidencial del C. Isidoro Arrazola Ramírez (1984-1986) y presidente del comité del PRI, el C. Venancio Pereda Prado, es cuando la H. Cámara de Diputados publica en el diario oficial elcambio de Eloxochitlan a Yoloxochitlán.
Para tal caso un grupo de personas se reunieron en el domicilio del C. Venancio Pereda Prado, para acordar la celebración de la fiesta del árbol Yoloxóchitl, habiendo determinado que se celebrará el tercer sábado de cada año en el mes de abril, dando inicio esta festividad en 1985 por haberse dado el cambio de apellido del pueblo; hubo necesidad de renovar todos los sellos para la cancelación o valorización de todos los documentos oficiales mismos que se estrenaron en este lugar en el primer festival de abril 'Yoloxóchitl 85', en este primer evento estuvo presente el teniente coronel Rodolfo Linares González, quien fuera candidato a Diputado Federal en aquel entonces y quien fungió como padrino de inauguración.
De esos días a la fecha y en cada período municipal se han venido realizando año con año las festividades y celebraciones correspondientes a esta fecha que ha sido denominada feria de Yoloxochitlán.
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