Se ignora la época en que se fundó este pueblo, pero en el año en 1593, antes de la conquista española ya estaba formado, y se sabe que hay un documento donde don Luis Rey Velasco confirmó la titulación de bienes comunales y pequeña propiedad a favor de San Miguel Tecomatlán.
El 3 de noviembre de 1916 el pueblo de San Francisco Jaltepetongo se unió al general Córdoba e incendiaron todo el pueblo de San Miguel Tecomatlán, donde destruyeron por completo todas las casas que había, además del deceso de varias personas, las campanas que correspondían al templo parroquial.
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