Historia General Plutarco Elias Calles Sonora

Los primeros habitantes de esta región eran Pápagos y vivían en las regiones del Pinacate, Quitovac y Sonoyta. Estos por lo general eran nómadas que se dedicaban a la recolección y a la caza. Con la llegada de los misioneros jesuitas a esta zona cambió el sistema de vida de este grupo de indios pues se formaron comunidades compactas, principalmente a orillas de las lagunas y del río. Al pie de un paraje conocido como Loma Alta, brotaba agua de los veneros, llamado por los naturales sonoytag, vocablo pápago que puede interpretarse como 'tronco donde brotan las aguas'. Este lugar fue considerado por los jesuitas comunidad misional, en 1694 lo llamaron San Marcelo Sonoytag, actualmente cabecera municipal.

Sonoyta tiene bastante movimiento en razón de ser encrucijada de caminos; la Carretera Federal 2 Mexicali-Caborca cruza por el centro de la ciudad, en igual forma lo hace la que saliendo de Lukeville, Arizona (hermana fronteriza de Sonoyta) conduce a Puerto Peñasco, sitio favorito de muchos norteamericanos.
Sonoyta fué fundada en 1694 por los misioneros de la Compañía de Jesús con el nombre de San Marcelo de Sonoitac.
En el pueblo misional se avecindó una rama de indígenas pimas llamados sobahipuris. Como misión, Sonoita dependía de Guevavia, actualmente ubicado al otro lado de la frontera en el estado de Arizona.
En este lugar se descubrieron minas aledañas en 1836. Cabe señalar que Sonoyta tuvo la categoría de municipio dependiente del Distrito de Altar durante algunos periodos del siglo XIX. Después de la Revolución perteneció al municipio de Caborca
Por medio de la Ley Núm. 136 del 9 de julio de 1952 se erigío el municipipo de Puerto Peñasco, separandose del municipio de Caborca y comprendiendo las localidades de Sonoyta, Bahía La Choya, 21 de Marzo y Cuauhtémoc., al cual perteneció hasta agosto de 1989, cuando se creó el municipio Gral. Plutarco Elías Calles, como una necesidad histórica, política y social.