Las tierras del municipio pertenecían a principios del siglo
XIX a la hacienda de Juan Bautista Nopalapan.
En 1918 el poblado llamado El Burro del municipio de San Juan Evangelista,
se denomina Nopalapan de Zaragoza.
Por decreto de 3 de julio de 1925 la congregación de Nopalapan
de Zaragoza recibe la denominación de Juan Rodríguez Clara,
en honor del mártir del agrarismo, sacrificado en este lugar.
La Ley de 22 de diciembre de 1960 crea el municipio Juan Rodríguez
Clara, con congregaciones del municipio de San Juan Evangelista.
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