Durante la época prehispánica, este pueblo formó parte del dominio territorial del señorío tarasco. Al derrumbarse el señorío mencionado, fue evangelizado por la orden religiosa de los franciscanos y el año de 1530, fray Martín de la Coruña, fundó el actual pueblo de Coeneo.
Este lugar se constituyó en municipio, con cabecera en Coeneo, diez años después de consumada la Independencia, el 10 de diciembre de 1831. Fue el primer pueblo que se levantó en armas apoyando el plan de Ayutla, pronunciado en contra de la dictadura del general Antonio López de Santa Anna. Dicho levantamiento fue encabezado por el general Epitacio Huerta, en unión de varios vecinos, el 5 de mayo de 1854. Este hecho, que ennoblece la historia de Coeneo y de Michoacán, tuvo su reconocimiento el 22 de noviembre de 1858, año en que el Congreso del Estado le otorgó el título de Villa de la Libertad.
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