El jeroglífico de la antigua población de Xalixtlahuacan significa Lugar arenoso y llano.
Hubo asentamientos humanos de grupos nahuas, en el siglo XV fueron sometidos por la triple alianza; el nombre primitivo que tenía era Xalixtlahuaca, el 24 de marzo de 1922 se llamó San Marcos, posteriormente cambió a Villa Central, el 11 de Septiembre de 1936, se erige como municipio libre, con el nombre de Rafael Lara Grajales, en honor al general Revolucionario y Diputado asesinado en 1933.
Las raíces del asentamiento se encuentran en el establecimiento de la estación San Marcos del ferrocarril México-Veracruz-Puebla-Jalapa, cuyos trabajadores fueron los primeros pobladores.
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