En 1730 es fundada la Misión de San José del Cabo por el padre visitador José Echeverría y el padre jesuita Nicolás Tamaral. En el poblado de San José del Cabo, a cargo de Fernando de la Toba, se jura y se proclama, por segunda vez, en 1822, la Independencia de México en el Territorio de Baja California.
En 1847, durante la invasión norteamericana, en el poblado de San José del Cabo se dio la defensa del territorio mexicano, y allí fue abatido el teniente Antonio Mijares, quien murió en forma heroica.
San José del Cabo inicia sus actividades como cabecera municipal del municipio de Los Cabos en el año de 1928. Actualmente es una población, al igual que la ciudad de Cabo San Lucas, con futuro promisorio. Las inversiones federales en infraestructura turística han hecho posible que estas tierras de vacacionistas se hayan convertido en uno de los lugares más visitados por el turista extranjero, principalmente del estado de California y del Canadá.
En 1981, el Congreso Estatal aprueba la creación del cuarto Municipio de Los Cabos.
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