La primera cultura que se instaló en la región fue la olmeca, como lo atestiguan numerosos vestigios arqueológicos. Durante el Siglo XI o XII D.C. se asentaron en la zona los toltecas; posteriormente fueron los zoques quienes ocuparon el territorio del municipio. Entre 1486 y 1488, llegan los aztecas durante una de las expediciones de conquista de Ahuízotl. Durante la época colonial, Cintalapa fue una aldea ganadera según las descripciones de fray Bartolomé de las Casas y de Tomás Gage a su paso por Cintalapa; el 17 de julio de 1926, se le concede la categoría de Villa; el 3 de febrero de 1931, el de ciudad y el 6 de enero de 1942 se le agrega el apellido Figueroa, en justo homenaje a la memoria del poeta Rodulfo Figueroa.
Existen en el municipio los cascos de las haciendas Santiago, La Providencia, Las Minas y La Valdiviana, así como el templo colonial en Pueblo Nuevo.
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