El nombre original del pueblo de Juchitepec de Mariano Riva Palacio, fue Xochiltepectl, que en el idioma náhuatl o mexica, que significa: Xochitl "Flor" y Tepetl "Cerro". Xochiltepetl quiere decir "Cerro de Las Flores".

Conforme a investigaciones realizadas, existen dos jeroglíficos. El primero se encuentra en los libros del Arzobispado de México Siglo XVI, y también en el estudio jeroglífico de la matrícula de los tributos del Código Mendocino, de Antonio Peñafiel año de 1885. 

Su descripción es la siguiente: en la parte baja el asiento geográfico, es representado por una figura pequeña como una especie de pera; un cerro, simbólico gráfico de Tepetl y en la parte superior, un pistilo y dos estambres de manera erguida que significan "Flor" o "Xochitl".

El segundo glifo se encuentra en el libro de los Toponimios del Estado de México que de acuerdo a su significado es más completa su simbología, ya que lo describe de la siguiente manera: asiento en los círculos alargados de la parte baja, la figura de la pera cerro, la parte superior flor pero con estambres dispersos o separados determinando tres secciones y en el centro del cerro una flor no muy común a la que se le llamó en época prehispánica. Xochixilozentle "Flor de Cabeza de Elote". Siendo este último el que esta contemplado de manera oficial dentro del Gobierno Estatal.

Cabe hacer notar que en el siglo XVII el nombre del municipio sufrió dos modificaciones, en la primera, la vocal "??o"? quien es sustituida por la vocal "??u"? y la terminación "??tl"? por la letra "??c"? quedando "??Xuchitepec"?, posteriormente en el siglo XVIII sufre otra transformación al cambiar la letra "??x"? por la "??j"? y al agregarle el nombre del Santo Patrono, esto es, Santo Domingo de Guzmán, quedando "??Santo Domingo Juchitepec"?.

El 2 de Mayo de 1880, la Legislatura del Estado de México, elevó a la categoría de Villa a la cabecera de este municipio y para honrar la memoria de uno de los gobernadores más distinguidos del Estado de México, le dio el nombre de "??Juchitepec de Mariano Riva Palacio"?.

San Matías Cuijingo, es la única delegación con que cuenta el municipio y su antecedente histórico también data de la época prehispánica, con nombre original Cuixingo, de las raíces siguientes: Cuixin "Milano o Gavilán" y Co "en", que significa "en el gavilán o en los gavilanes", hasta la fecha no se tiene conocimiento de algún jeroglífico que lo represente.

Epoca Prehispánica

Con mayor certeza sabemos que en etapas agrícolas, habitaron la zona grupos humanos de la cultura olmeca, y que fueron dominados por grupos migratorios de cazadores-recolectores chichimecas, de origen náhuatl que llegaron a la cuenca del valle de México, desde el siglo XII, los xochimilcas, chalcas, tlahuicas y amaquemecas (Fábregas 1969)

Los asentamientos humanos en la subcuenca aparecen como área marginal hasta que surgen las chinamperias en la época mexica y con ellas los grandes centros urbanos, se localiza un caserío y un centro ceremonial en el lecho lacustre cercano a Xico; pegadas a las faldas de la sierra había caseríos y pueblos, así como dos centros nucleados de importancia sin encontrarse nunca arquitectura monumental, en la zona de Amecameca son numerosos los asentamientos, más de 35.

No se cuenta con información referente a los primeros pobladores que habitaron en la zona, pero suponemos que sobrevivían de la recolección de plantas silvestres y la extracción de arenas, barros y piedra, la caza de mamíferos pequeños, y en las laderas pudo haberse practicado la agricultura de tumba, quema y siembra, y en terrazas después, además del corte de madera, la caza de aves y animales terrestres.

Tampoco sabemos cual era el tipo de relaciones que establecieron los trabajadores y los no trabajadores con sus recursos y sus instrumentos y condiciones materiales. Es posible pensar que existiera cierto control de dichos recursos y medios de trabajo, por parte de grupos locales y de la metrópoli mexica en la época prehispánica.

Los grupos que poblaron la cuenca chalca y su provincia, practicaron culto a varias deidades. Así los tenancas en 1209 cargaban a su dios Nauhyoteuhctli, los totolincas en 1160 tenían por dios a Totolin, estos últimos hacía 1241 eran magos, brujos y hacederos de lluvia, ofrendaban y consultaban a su dios en el monte. Los tecuanipas cargaban en 1287 a la deidad Citécatl (Durand-Forest, 1974)

De acuerdo a la antigua tradición recogida por Manuel Olaguibel, se toma como dato de fundación de Xochiltepetl el año de 1381 por el rey Acamapixtli.

Existe una hipótesis de que el poblado fue formado por grupos de indígenas que procedían del valle de Toluca o bien de los grupos que integraron el poderío chalca, tal vez establecido en el año que se indica.

En el reinado de Moctezuma el Ilhuicamina de 1440 a 1469 quien sojuzgó a Chalco cuando inició las conquistas del sur; los juchitepenses a pesar de haber huido de la sujeción de los aztecas, no tardaron mucho en ser sometidos y pagar su tributo a los tenochcas, con lo que producirá su tierra como frijol, maíz, maderas, pieles de venado y conejo, además de verse comprometidos en las rebeliones con los chalcas, pues en la séptima relación Chimalpahin, encontramos que durante el reinado de Moctezuma segundo en el año seis caña (1511) fue vencida la gente en Nopallan y Xochiltepec; la organización de la visa en esa época debió basarse en el calpulli al frente del cual estaba el calpulec que regía la vida social y política del pueblo, este debió ser un individuo de edad y conocimientos prácticos, que tenía que tratar con los vencederos y recoger los tributos, además de designar a los jóvenes que debían acompañar como aliados a los tenochcas en sus guerras interminables de conquista.

Acamapixtli, fundó otros ocho pueblos que son: Cuatzozonco, Calayuco, Zancalco, Ococalco, Tetlancheo, Tepepatlacher, Tlacotlapilco y Tlacaelcalpam.

Sin interrupción, vivieron con prosperidad gozando de ella, y de los óptimos frutos de la labranza de sus campos 139 años, hasta 1521, sin haber sufrido despojo de sus terrenos, aunque después pagaron muy caro.

Epoca Colonial

Don Fernando Cortés, según la crónica, no hizo su entrada por Ayotla sino por los volcanes, tocando Amaquemeca por Xuchitepec, así es que todos estos pueblos fueron los primeros combatientes desde 1519 hasta 1521, fecha en que se consumó la conquista. Cuenta la misma crónica, que desde 1522 a 1526 que gobernó interinamente don Fernando, asolaba al país acabando a los verracos, apodo que les daban a los Aztecas, hasta que en 1531, vino la primera Real Audiencia, habiendo una moderación. Fue muy tarde, porque la Patria había quedado muy arruinada, y aun peor los ocho pueblos, donde sólo quedaban unos cuantos; hasta el año de 1603 ya establecido el gobierno virreinal, el noveno, representado por don Gaspar Zúñiga y Acevedo, en el decreto del 3 de julio de ese año, mandó que todos los pueblos se congregaran en la cabecera, que era Xochitepec, y así se verificó, conservando hasta la fecha sus nombres, convertidos en barrios.

En 1606, hubo edictos para que fueran restituidos los terrenos quitados a los indios congregados. Este reconocimiento de sus tierras y terrenos, lo verificó antes el corregidor don Luis Peralta y don Juan Fernández de Borja, en el año de 1569.

Las primeras incursiones misioneras en Juchitepec como en Chalco fueron por los padres franciscanos, pero el asiento fijo y parroquial correspondió a los padres dominicos, aquí construyeron su convento como era usual en la orden: un cuadrado de 2 pisos junto a la iglesia, alrededor un claustro confesional abajo estaba la portería, el cuadrante, la despensa, la cocina, el comedor, la escalera que subía a los altos y la sacristía, en la parte alta el antecoro, la biblioteca, la sala capitular y las celdas, de todo esto se ven vestigios en las ruinas que hoy existen, los dominicos trazaron las primeras calles y enseñaron a los indígenas a vestirse de calzón blanco y camisa, edificaron la iglesia y convento, a finales del siglo XVI o principios del siglo XVII.
En una lista de los conventos dominicos, en la crónica desarrollada por los religiosos en el año de 1596 no aparece el convento de Juchitepec, en otra lista de su crónica del año 1606 ya aparece y para su poca población existían 2 o 3 frailes legos y un sacerdote, regentearon la parroquia hasta la mitad del siglo XVIII, posteriormente esta parroquia pasó al clero secular.

En esta época espiritual se le colocó el nombre de un santo a cada pueblo, determinándolos patronos del lugar, los pueblos de referencia quedaron de esta manera: Santo Domingo Xuchitepec, Santa María Calayuco, San Francisco Cuautzozongo, Santa María Tlacotetelco, San Gregorio Tlacotlapilco, San Miguel Tlazintla, Santa María Nativitas Zencalco, San Agustín Ocacalco y San Miguel Tepetlaxco.

La iglesia tuvo hermosos retablos de madera dorada y tallada en estilo churrigueresco, el altar mayor muy parecido al que hoy tiene, se quemó hacía la mitad del siglo XIX y los laterales unos fueron retirados por viejos y de los otros con la madera que estaba en condición se labraron por detrás los altares neoclásicos que hoy existen, a los dominicos se debe también la técnica de hacer aljibes que después deberían de ser el modo más eficaz de proveerse de agua.

Epoca Independiente

En los últimos de la colonia, el pueblo indígena convivía con algunas familias españolas y comentaban sobre la guerra de Independencia, el gran Morelos estuvo por breves días en Ozumba, por aquí pasaron contingentes de Calleja para el sitio de Cuautla o partidas de insurgentes que por todas partes atacaban los comboys de los realistas.

Iniciada la Independencia y cuando gobernaba la regencia que precedió al primer imperio; ocurrió, que en Juchitepec se celebrara la última acción guerrera contra los españoles que se retiraban para embarcarse, éstos conspiraron para dar un golpe de reconquista contra el México recién independizado; la conspiración la dirigía el gobernador don José Dávila de Veracruz, jefe español que aún ocupara el castillo de San Juan de Ulúa. 

El cuerpo de órdenes militares que se hallaba en Texcoco a las órdenes de Buceli debía reunirse en Juchi con el cuerpo de Castilla procedente de Cuernavaca, éstos juntos deberían dirigirse a tierra caliente donde todavía tenía simpatizantes la dominación española, las cuatro compañías llamadas de Zaragoza; residentes en Nopaluca se habían de dirigir a Perote para apoderarse de la plaza, también el batallón llamado de Zamora debería de tomar parte en contra de la Independencia y de lató la conspiración a Iturbide; éste como jefe de la Regencia mandó al mariscal del campo don Anastacio Bustamante con unos 400 soldados de caballería a impedir que se reunieran los batallones en Juchitepec, allí llegó Bucelí con 400 hombres de infantería a esperar al regimiento de Castilla Bustamante quién salió de Tenango el miércoles santo, 3 de abril de 1822, Bucelí al saberlo se replegó al cerro del Huipilo, allí fue atacado por Bustamante que obtuvo la victoria después de una breve escaramuza, el regimiento de órdenes quedó prisionero con 380 hombres y 44 oficiales, Bustamante atribuyó su triunfo al Señor de las Agonías.

Siguió Juchitepec viendo pasar soldados y regimientos a lo largo de nuestras guerras civiles y extranjeras; en la época de la Intervención Francesa fue muy sobresaliente la actividad del párroco don Antonio Sánchez Aparicio y de don Rosendo Pérez Yniestra.

En tiempos del porfiriato existían varias familias de origen español y francés, los Fabre, los Quiroz, los Vergara, los Fernández, los Mejía, los Bustamante, los Burgos, los Rojas y los Espinosa; don Maurilio Fabre instaló la primera escuela pública oficial, solamente de niños y la escuela de niñas se instaló en la casa que hoy es de don Luis Zamora.

Quedó memoria de los grupos de guerrilleros y bandoleros inmortalizados en celebres novelas de la época, como los bandidos de Río Frío personajes de la novela costumbrista de Manuel Payno o los Plateados, célebres bandoleros de tierra caliente de Morelos, quienes, hacía la década de 1860 incursionaron hasta el pueblo de Chalco, cuya memoria es aún guardada por los campesinos de la región, amén de haber sido personajes que se escondían en el cerro de la escobeta en las cuevas altas, donde tenían un sinnúmero de signos destacando los sables, en el cerro del huipilo enterraron gran parte fruto de sus actividades que a decir verdad fueron cuantiosas, en el territorio juchitepense se  asaltó a un personaje de origen italiano que tuvo resonancia internacional, hecho realizado por el grupo de los plateados.

A principios de este siglo, llegó el diputado federal don Pedro García de León a tratar de implantar en Juchitepec el cultivo de la morera con vistas a fundar la industria de la seda, no encontró entusiasmo para sus proyectos, don Pedro se fue desilusionado pero encontró a su esposa Doña Leonila Burgos, originaria de Juchitepec; la única industria que había, era el procesamiento de la raíz del zacatón para fabricar escobetas, hasta venían indios otomíes para ayudar a su extracción que era muy pesada y dura.

En el año de 1880 mayo 2, es elevado al rango de Villa la población de Juchitepec.

En 1899 existe un decreto del C. Gobernador José Vicente Villada por el que se suprime el municipio de Juchitepec, agregándolo a Tenango del Aire, con vigencia con fecha 1º de junio de 1899. En este mismo año en el mes de octubre Ayapango y Juchitepec solicitan ante el gobierno del estado la erección de sus municipalidades con sus mismos nombres.

En estas fechas cayó una centella sobre la iglesia y desbarató el lateral de la derecha el cual se repuso con su dirección y consejo.

Existen dos fenómenos curiosos que impresionaron a la gente, uno sucedió en el año de 1900 cuando cayó una copiosa nevada convirtiendo a Juchitepec en una hermosa estampa navideña; en el año de 1910 se aparece el cometa Halley ofreciendo un espectáculo maravilloso donde se podría apreciar su bella cauda luminosa en todo el cielo, esto dio lugar a mucho miedo entre el vulgo que decían que el cometa iba a chocar con la tierra o que sería anuncio de calamidades, tuvieron algo de razón o mera coincidencia por que no tardó en desatarse la Revolución con su secuela de muerte, hambre, odio y destrucción.

Epoca Revolucionaria

En la primera década del siglo XX, el pueblo salió en parte de su aislamiento con el paso del ferrocarril por Tenango del Aire, que gran conmoción y alegría causó en todos la construcción de la vía férrea que iba a facilitar el acceso a la capital de la República, más tarde sirvió para transportar las tropas en la Revolución.

Los movimientos de la Revolución repercutieron de alguna manera en la vida del pueblo de Juchitepec, en 1911 entraron por vez primera los partidos zapatistas y exigieron a los ricos dinero y víveres para la gente y pastura para los animales, con esto comenzó la salida de varias familias, no ocuparon por mucho tiempo los zapatistas la población ya que en este año desató tremenda ofensiva contra ellos el gobierno de don Francisco León de la Barra, campaña que llevó a cabo Victoriano Huerta, que logró acorralar a Zapata en el cerro del jilguero, salvándose por la intervención de don Francisco I. Madero. Volvieron nuevamente los zapatistas y saquearon las casas de los pudientes, algunas las incendiaron y los objetos que no se podían llevar o no les interesaban los inutilizaban como los pianos que echaban a rodar por las escaleras. En ese entonces se quemó el archivo municipal y el palacio.

En 1913 con la usurpación de Huerta vino la ofensiva general y nuevamente las necesidades bélicas del norte dejaron desguarnecida la población que fue ocupada por los zapatistas, vino la gran invasión carrancista del norte en 1914 y los zapatistas se replegaron cuando Zapata no se sometió a Carranza, el gobierno de la convención y la gran ofensiva villista hizo salir a los carrancistas y nuevamente fue ocupado Juchitepec por los zapatistas, que durante el año de 1915 ejercieron pleno dominio, en ese momento por simpatía o por compromiso se anexaron muchos jóvenes nativos de la población al zapatismo, entre ellos Everardo González, que llegó a ser uno de los principales jefes y que luchó al lado de Amador Salazar y Genovevo de la O, otros que también participaron fueron el coronel Sabino Rueda, segundo coronel Manuel Alvarez, teniente coronel Isidro Mejía, capitán Elías Ibáñez, capitán Manuel Román, sargento primero Librado Rueda y soldado Félix Miranda Rojas.

Las haciendas comienzan a ser objetivo de los revolucionarios, porque el 23 de marzo, a las seis de la mañana es atacada la de Atlalpango, haciéndose una baja al destacamento federal; durante el tiroteo que se prolonga por sesenta minutos.

Genovevo de la O aparece el 10 de abril en Juchitepec y al mismo tiempo al nuevo jefe político Octavio Malvido le surgen  las complicaciones porque los zapatistas se muestran activos. Es curioso observar el cambio del lenguaje oficial preferentemente en forma contraria a lo que aconteciera en el sur, usa los vocablos de zapatistas y revolucionarios, sin que por ello se margine del todo el socorrido de "??bandoleros"?, del mismo modo que en lugar de gavilla se habla de partidas.

Por otro lado, es verdad que no se ha desterrado la exigencia de préstamos forzados, porque en Juchitepec, cuando Trinidad Quiroz se niega a proporcionar dos mil pesos a la causa de la Revolución, son quemadas 3,500 cargas de trigo que representan, según su propietario, la entonces cuantiosa suma de casi 58,000 pesos. La orden parte del jefe zapatista Everardo González.

Registramos una acción negativa que sucede a Jesús Calvo, difamado, robado y después de un tiempo asesinado.

A mediados de junio ocurre un nuevo combate en Juchitepec, cayendo 21 zapatistas y siete prisioneros que son fusilados, aparte de otros mas del mismo lugar y a quienes tiene que dejarse en libertad, dado que es clara su inocencia.

Las ejecuciones comienzan, porque el 4 de agosto Juan Madariaga es fusilado, al igual que Silvestre López en Amecameca, sólo que a éste se le aplica la "??ley fuga"?, fácil manera de matar; sigue José Luis Ramos Cándido el 5 de septiembre; el 15 Pedro Cortés hijo y Felipe Tepeites en Juchitepec; el 18 Margarito Uribe, señalándolo como uno de los responsables del asesinato de Ignacio González Aragón, en Tenango del Aire el 27 de febrero y, el 22 de septiembre es fusilado Modesto Alfaro.

La actividad de los rebeldes tiene también que despertar alguna inquietud, de tal manera que los coroneles Francisco J. Vasconcelos y Amado L. Cristo, son designados jefes políticos de Chalco y Tlalmanalco.

El ambiente social se vuelve no sólo tenso sino angustioso, pues como las fuerzas que guarnecían Juchitepec fueron concentradas en Chalco, el ayuntamiento suspende sus funciones y se ausenta del lugar.

El general Everardo González Verbara, oriundo de Juchitepec, Méx., que por su pericia, valor y competencia en el mando de fuerzas se había colocado en las primeras filas del zapatismo, fue designado por el general Zapata para operar en los distritos de Chalco, Texcoco y Otumba Estado de México, reforzando por tales circunstancias la división que llevaba su nombre con los generales de brigada Bardomiano González Vergara, Antonio Beltrán Cortés, Tomás García y Guillermo Rodríguez, y brigadieres: Trinidad S. Tenorio, José C. Contreras, Román Silva Galicia, Crisanto Espinosa y Luis Cerón, con un contingente de aproximadamente siete mil. Posteriormente se incorporaron los brigadieres Marcelino Banda, Gregorio S. Rivero, Luis González, Ciriaco Cerna, Maximiliano Vigueras, Ignacio Bastida, Ade laido González, y de brigada Octaviano Muñoz.

En el año de 1916 y a principios de 1917 el pueblo enfrentaba los días más desolados, pues destacamentos carrancistas, que no duraban largo tiempo, pero que dejaban su huella dejando casas quemadas o en ruinas, obligó que la gente abandonase el pueblo. La maleza cubría las calles y en pleno medio día merodeaban por ella los coyotes las víboras y otras alimañas, en ese momento muchos aventureros venían a buscar cosas de valor y lograron obtener dinero, vajillas, joyas que habían escondido precipitadamente los que huyeron, sin que dejaran de pasar desapercibida la iglesia, llevándose objetos preciosos que guardaba la iglesia en una pared de doble fondo además de quemar el archivo parroquial.

Era peligroso desplazarse en la calle, sobre todo si se trataba de gente con medios económicos o de actividad política como en el caso de Ernesto Quirzo Espinosa de los Monteros que tenía que utilizar un salvo conducto para su protección.

En 1916 hubo 2 episodios muy crueles uno fue la sorpresa y asalto que se hizo a la guarnición carrancista por don Antonio Beltrán aprovechando una fiesta y francachela que había tenido el destacamento por el santo del Mayor que los comandaba, penetró por el zaguán de la casa de los Rojas donde estaban acuartelados y en las altas horas de la noche los aniquiló completamente, los cuerpos despojados de calzado y vestido fueron sepultados en una gran fosa en lo que fue el rastro de la población, lugar que hoy ocupa el auditorio municipal, pronto vinieron las represalias. Una nueva guarnición llegó conociendo la forma de actuar de los carrancistas, los hombres huyeron a los montes y muchas mujeres se refugiaron en la casa de don Melquiades González, los carrancistas preguntaron de quien era la casa y al oír el apellido González inmediatamente abrieron fuego matando a más de 30 personas, mujeres y niños.

Epoca contemporánea

Para fines del año 1917 se normalizaron las cosas y se inicia el archivo municipal y se conoce quienes fueron los presidentes del ayuntamiento.