Este municipio lleva el nombre en memoria al Gral. Álvaro Obregón. Se piensa que el nombre del municipio proviene en relación a que en el mes de agosto de 1921. En los años de 1760 a 1770, se establecieron los núcleos de población que en la actualidad forman Queréndaro y Álvaro Obregón. Originalmente fueron cascos de hacienda y por intermedio de prestanombres, pertenecían al clero.
Lo que es en la actualidad Álvaro Obregón, correspondía a la Hacienda de San Bartolo Apóstol, nombre que perduró hasta 1950.
En la guerra de Independencia, con la huida y expulsión de los españoles, la hacienda pasó a ser propiedad de Don Juan de Dios Gómez, mexicano de origen y principal capataz de los Toricis.
Para ese entonces el territorio de la hacienda comprendía: Uruétaro, La Presa, El Zapote, Tzintzimeo, La Purísima, Chehuayo y Las Trojes.
Por decreto del 8 de octubre de 1929, se elevó a tenencia perteneciente a Indaparapeo y el 8 de febrero de 1930, se le otorgó la categoría de municipio.
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