El territorio del municipio estuvo ocupado desde tiempos prehispánicos por los indios mayos y yaquis.
En su territorio se ubican las ruinas del antiguo Real de Minas y Villa de Baroyeca, que fue una de las poblaciones más importantes de Sonora durante la colonia y principios de la época independiente, llegando a ser residencia del alcalde mayor de Ostimuri y posteriormente cabecera del partido.
En el territorio de Quiriego se ubican igualmente las antiguas misiones de Batacosa y Tepahui, que fueron fundadas en el siglo XVII.
Tanto Baroyeca como Batacosa y Tepahui tuvieron categorías de municipios hasta diciembre de 1903, en que fueron suprimidos y agregados al de Quiriego.
La cabecera municipal, Quiriego, fue originalmente una hacienda propiedad de Francisco Javier Valenzuela en los últimos años del siglo XVIII.
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